Em 30 de setembro de 2024, Filipe Luís assumiu o comando do time profissional do Flamengo, substituindo Tite. Sua atuação tem sido marcante, recriando o feito de Jorge Jesus ao permanecer um ano no cargo, o que não acontecia desde então.
Após se aposentar como jogador em 2023, Filipe Luís iniciou rapidamente sua carreira como treinador. Ele estreou no sub-17 do Rubro-Negro em janeiro de 2024, passou para o sub-20 em junho e, três meses depois, já estava à frente da equipe principal. Mesmo com pouca experiência, seu talento não passou despercebido. Ele já atraiu interesse internacional, rejeitando uma proposta do Fenerbahçe da Turquia.
Com contrato válido até o fim do ano, Filipe Luís expressou o desejo de renovação, embora as negociações ainda estejam em andamento. Sobre seu tempo no clube, ele comentou após uma vitória sobre o Corinthians: "Está sendo muito intenso. Agradeço o privilégio de viver todos esses momentos no Flamengo, tanto como jogador quanto como técnico. Cada segundo é um presente e estou aproveitando ao máximo."
Sob seu comando, o Flamengo conquistou três títulos: a Copa do Brasil de 2024, além da Supercopa e do Carioca de 2025. Agora, o técnico busca mais dois títulos, liderando o Brasileirão e estando na semifinal da Libertadores.
Além das conquistas, o desempenho tático do time sob a liderança de Filipe Luís é notável. Destacou-se pela capacidade de adaptação, como na semifinal da Copa do Brasil contra o Corinthians, onde ajustou o time para uma postura defensiva após perder um jogador. Em 2025, o Flamengo mostrou domínio ofensivo, com goleadas como 8 a 0 contra o Vitória e 6 a 0 contra o Juventude.
Com 69 jogos à frente do Flamengo, Filipe Luís acumula 46 vitórias, 16 empates e apenas 7 derrotas, alcançando um aproveitamento de 74,3%. Seu time balançou as redes 123 vezes, com média de 1,78 gol por jogo, e manteve a defesa sólida, sofrendo apenas 40 gols, uma média de 0,58 por jogo.
