Fundado em 1932, conquistou o primeiro título um ano após entrar no Campeonato Amador do Interior. Tornou-se profissional apenas em 1950 e disputou a terceira divisão até 1975. O vermelho e branco de Mogi Mirim é conhecido em todo território brasileiro: graças ao Mogi Mirim Esporte Clube.
Mas foi a partir da década de 80 que o clube conseguiu disputar a divisão de elite de futebol paulista. O primeiro acesso veio em 1985 - deu uma grande arrancada e chegou à primeira divisão em 1986.
Na temporada de 1993, o Mogi ganhou o apelido de Carrossel Caipira, graças à formação tática do ano anterior, que lembrava o Carrossel Holandês da Copa de 74.
De tanto girar, o Carrossel Caipira atordoou adversários por onde passou. Para os principais clubes da capital à época, o Sapo ficou conhecido como o time do interior mais difícil de ser batido.
Comandado pelo técnico Vadão, o Mogi conquistou a Copa 90 Anos da Federação Paulista de Futebol e o Grupo Amarelo do Campeonato Paulista. Venceu também o Torneio Ricardo Teixeira e ficou com o vice do Torneio João Havelange, perdendo para o Vasco da Gama.
Os dois últimos grandes momentos do Sapão foram em 2001 - quando conquistou o vice-campeonato do Campeonato Brasileiro da Série C.
E, em 2012, quando levantou a taça de campeão do troféu do interior do Campeonato Paulista.
